食用菌制種和栽培過程中，經常遭到病害和雜菌的襲擊，造成劣質、減產，甚至絕收。現介紹幾種主要病害的危害症狀、規律及防治方法。
一、疣孢黴菌病
1．症狀及規律主要危害平菇、蘑菇、金針菇等，菌絲體和子實體上均有發生。該病原侵染的最有利時期是菌絲由營養生長轉爲生殖生長階段。若菇蕾形成期被侵染，則看不到正常菇蕾，而是有大量畸形病菇提前3～4天出現，且不能進一步分化成爲菌蓋和菌柄，呈硬馬勃狀團塊；幼菇生長期被侵染，病菇菌蓋發育不正常或停止，菇柄膨大變形、變質，呈各種扭歪畸形，病菇後期內部中空，菌蓋菌柄處長有白色絨毛菌絲，進而變成暗褐色腐爛，發出臭味；子實體生長的中後期被侵染，輕則菌蓋表面產生許多瘤狀突起，重則在菌褶和菌柄下部出現白色毛狀菌絲，漸呈水泡狀，滲出水滴，褐腐死亡。
2．防治方法①預防措施。選用抗病品種，菇房嚴格消毒，培養料進行高溫堆制發酵和後發酵處理。覆土要在使用前5～6天進行多菌靈消毒。②管理措施。初發病時，應立即停止噴水，加大通風量，降低空氣溼度，溫度降至15℃以下；發病嚴重，應除掉帶病覆土，更換新土，燒燬病菇。③藥劑防治。清除病菇後，用25%多菌靈以1:400倍或65%代森鋅1:500倍噴灑牀面。
二、輪枝黴病
1．症狀及規律又稱輪枝黴褐斑病、褐斑病、幹泡病、幹腐病。其症狀與疣孢黴病較相似。子實體生長初期被侵染，不分化菌蓋菌柄，只形成馬勃狀團塊，但該病後期不從菌塊滲出汁液，也不散發臭味。子實體生長中後期染病，先在菌蓋上產生許多針頭大小的、不規則的褐色點，逐漸擴大發生凹陷並呈灰白色，潮溼條件下病斑上長出白色黴狀物。菌柄受害時形成縱向褐色條斑，基部變黑加粗、乾枯。
2．防治方法①培養料進行高溫發酵和二次發酵，對覆土進行藥劑處理，注意環境衛生。②防止菇蠅、菇蚊等害蟲進入菇房。③加強管理，經常通風換氣，防止高溫高溼，噴水後要注意通風。局部發病時，及時清除病菇。④藥劑防治。對發病處用多菌靈1:500倍液，或70%甲基託布津1:800倍液。
三、鐮孢黴枯萎病
1．症狀及規律主要爲害平菇和蘑菇，侵染幼菇，初期只的菌蓋部分色澤變暗，停止生長，幼菇綿軟，然後漸失水成"僵菇"狀枯萎；子實體染病，則菌蓋小，菌柄短，菌髓部萎縮變褐，有的整個菇體變褐、幹腐狀。潮溼時，苗柄基部可見白色絨毛狀菌絲。
2．防治方法①培養料進行高溫堆制和二次發酵，對覆土進行蒸汽或藥物消毒。②藥劑拌料。用25%多菌靈或50%的苯菌靈拌料，用量爲乾料重的0.2%。③藥劑防治。發病後可噴施1:500倍的苯來特或多菌靈。
四、青黴菌病
1．症狀及規律幾乎爲害所有食用菌，主要是污染培養料，且迅速蔓延，侵染到子實體。一般從健株菌柄基部或耳片基部侵入，引起黃褐色腐爛症狀，並由基部向上擴展。病菇停止生長、軟腐，在腐爛處長有綠色粉狀黴層，黴層邊緣有絨狀白色菌絲。
2．防治方法①調節培養料呈弱鹹性，一般用培養料乾重的1%～2%的石灰拌料即可。②拌料時可加0.1%的50%多菌靈。③及時清除培養料上的青黴菌塊，並對污染處進行藥劑處理，塗抹石灰膏處理。
五、木黴菌病
1．症狀及規律幾乎爲害所有食用菌。主要在培養料中掠奪營養和水分，分泌毒素，使播後的食用菌不能萌發，或雖萌發但不能正常生長。菌絲染病，則菌絲消退，子實體不能或極少形成；子實體發病，則停止生長，基部腐爛、倒伏，在腐爛部位長出綠色黴層。木黴菌發生初期爲白色絨毛狀，類似蘑菇菌絲，幾天後變爲淡綠色粉狀黴層，然後變成深綠色，範圍逐漸擴大，發生再侵染。
2．防治方法①選用抗病品種，適當加大接種量，菌絲長滿後要適時開口或解袋，不要過早或過晚。②栽培前，培養料進行藥劑處理或二次發酵，注意環境衛生。老菇房或舊生產場地要徹底清掃刷白，燻蒸或噴藥殺菌。③剛發現木黴時，及時清除，並在感染部位噴灑1:500倍苯來特藥液，塗抹石灰膏或撒1:1的多菌靈與百菌清混合粉。
六、細菌性斑點病
1．症狀及規律主要爲害平菇、蘑菇。病斑多見於菌蓋菌柄表面，開始出現爲針頭大小斑點，呈淡黃色，後逐漸擴大凹陷，呈暗褐色，病斑大小較一致、邊緣整齊。潮溼時出現粘液，乾燥後形成有光澤的菌膜，病點之間有的癒合形成不規則斑塊。病菌被侵染，不深入下層菌肉部分。
2．防治方法①加強栽培管理，防止高溫高溼，適當減少噴水次數和用量，噴後要及時通風換氣，避免菌蓋表面長期積水。②發病初期發病後可噴施1:500倍的多菌靈，可抑制病原菌蔓延。③已發病菇房要儘早摘除病菇，及時處理，同時防止人爲傳染，以防再次侵染。
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