提高化肥的利用率：微生物肥料與化肥搭配施用，既能確保增產，同時還能改善土壤及作物品質。
生產綠色食品：可用來生產綠色、無公害的綠色食品，能緩和或減少農產品污染。
有利於環保：微生物具有分解功能，能提高堆肥質量及成熟度，還能作土壤淨化劑使用。
改良土壤：微生物肥料中有益微生物能產生糖類物質，可以改善土壤團粒結構，有助於提高土壤肥力。
一、微生物肥料有什麼作用
1、提高化肥的利用率
（1）隨着化肥的大量使用，其利用率不斷降低已是眾所周知的事實。這説明，僅靠大量增施化肥來提高作物產量是有限的，更何況還有污染環境等一系列的問題。
（2）為此各國科學家一直在努力探索提高化肥利用率達到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑，而微生物肥料在解決這方面問題上有獨到的作用。
（3）所以，根據作物種類和土壤條件，採用微生物肥料與化肥搭配施用，既能確保增產，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質，減少污染。
2、生產綠色食品
（1）隨着人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質量提高的要求，都在積極發展綠色農業（生態有機農業）來生產、無公害的綠色食品。
（2）生產綠色食品過程中要求不用或儘可能少用（或限量使用）化學肥料、化學農藥和其它化學物質。它要求肥料必須首先保護和促進施用對象生長和提高品質；其次不造成施用對象產生和積累有害物質；三是對生態環境無不良影響。
（3）微生物肥料基本符合以上三原則。近年來，已用具有特殊功能的菌種製成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農產品污染，而且可以改善農產品的品質。
3、有利於環保
（1）利用微生物的特定功能分解，發酵城市生活垃圾及農牧業廢棄物而製成微生物肥料是一條經濟可行的有效途徑。
（2）目前已應用的主要是兩種方式，一是將大量的城市生活垃圾作為原料經處理由工廠直接加工成微生物有機複合肥料；二是工廠生產特製微生物肥料（菌種劑）供應於堆肥廠（場），再對各種農牧業物料進行堆制，以加快其發酵過程，縮短堆肥的週期，同時還提高堆肥質量及成熟度。
（3）另外還有將微生物肥料作為土壤淨化劑使用。
4、改良土壤
（1）微生物肥料中有益微生物能產生糖類物質，佔土壤有機質的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質形成。
（2）所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有助於提高土壤肥力。
二、選用微生物肥料的方法
1、看產品有沒有登記證號：登記證是農業部頒發的的市場准入證，相當於人的身份證。有登記證號的產品，質量相對有保障。
2、看標籤標示和使用説明：如果使用説明比較規範，操作性比較強，説明企業技術水平比較高。
3、看批號和有效期，或者是可追溯的條形碼。
4、看使用後的效果評價：比如，某個產品在某一地區有一定應用，瞭解一下該產品有沒有負面的反饋，如果沒有，説明該產品質量就有一定的保障。
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