甘薯黑斑病病菌主要從傷口侵入。甘薯收刨、裝卸、運輸以及蟲、鼠、獸等造成的傷口均是病菌侵染寄主的重要途徑。此外，病菌也可從芽眼和皮孔等自然孔口及幼苗根基部的自然裂傷等處侵入。
紅薯黑斑病主要由病菌的分生孢子和子囊孢子傳播。特別是子囊孢子在貯藏中大量產生，成為窖中病害流行的主要病源。病薯、病苗、病土和帶病肥料均可傳播，以帶病種薯傳病為主，其次是病苗。此外，還可通過人畜、昆蟲、鼠類、和農具等傳播。
甘薯黑斑病菌主要以厚垣孢子、子囊孢子和菌絲體在貯藏病薯、大田、苗牀土壤及糞肥中越冬，成為翌年發病的主要侵染源。病薯病苗是病害近距離及遠距離傳播的主要途徑，帶菌土壤、肥料、流水、農具及鼠類、昆蟲等都可傳病。
紅薯黑斑病又叫黑疤病，是紅薯的主要病害，此病從育苗期、大田生長期和收穫儲藏期都能發生，引起死苗、爛牀、爛窖，造成嚴重損失，病菌深入薯肉下層，使薯肉變成黑綠色，味苦。病部木質化、堅硬、幹腐。且病薯含有毒物質（莨菪素），不能食用。因此徹底消滅黑斑病是保障紅薯生產的重要環節。
黑斑病主要靠帶病種薯傳病，其次為病苗，帶病土壤、肥料也能傳病。病菌可直接侵入苗根基，在薯塊上主要從傷口侵入，也可通過根眼、皮孔、自然裂口、地下蟲咬傷口等侵入。
主要以卵孢子的形式存活於土壤中的作物殘體內，在春季卵孢子萌發，主要是形成孢子囊。漫灌和大雨後孢子囊釋放出孢囊孢子。孢囊孢子在土壤的水中移動，被寄主的根圍所吸附，萌發且不形成附着胞直接侵入根部。遊動孢子游動緩慢，從運動到形成休眠孢子可持續數天，休眠孢子萌發直接產生芽管，當接觸固體表面時芽管腫大形成附着孢，不久從附着孢長出菌絲。休眠孢子有時萌發再形成遊動孢子，留下休眠孢子膜。有時少數孢囊在頂端形成芽管。在幼苗期毛根被破壞並且整個植株可能致死。較老的植株受害較慢，病菌從根尖擴展到莖到低的枝條。
黑斑病的傳染途徑很廣泛,除種瓜帶病、帶菌、土壤帶菌與肥料感染以外,在裝運入窖的過程中,收穫工具與地下窖也是兩個重要的傳染途徑。
紅薯黑斑病傳播途徑：種薯帶菌；種苗帶菌；土壤帶菌；農家肥帶菌；人、畜攜帶病菌；田間操作過程和澆水等，都能讓病菌傳染到新的植株。
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