主要病虫害有猝倒病、立枯病、枯萎病、白粉病、灰霉病、病毒病、蔓枯病、蚜虫、蓟马、黄守瓜、美洲斑潜蝇、棉铃虫、地下害虫等。
最常见的病害有疫病、白粉病、炭疽病、细菌性多斑病等。南瓜炭疽病，用福美双可湿性粉剂拌种消毒，消灭种子表皮携带的病菌，发病时用百菌清可湿性粉剂或代森锰锌喷洒，每间隔一周喷洒一次，连续2-3次后即可治愈。
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