害马铃薯的病虫害有300多种，但并不是所有的病虫害都会造成马铃薯严重减产。马铃薯病害主要分为真菌病害、细菌病害和病毒病。其中由真菌引起的马铃薯晚疫病是世界上最主要的马铃薯病害，几乎能在所有的马铃薯种植区发生。
一、晚疫病
防治方法：
防治晚疫病，首先要选择抗病品种；其次，播前严格淘汰病薯。一旦发生晚疫病感染，一般很难控制，因此必须在晚疫病没有发生前进行药剂防治，即当日平均气温在10-25℃之间，下雨或空气相对湿度超过90%达8小时以上的情况出现4-5天后喷洒药剂进行防治。
可用70%代森锰锌可湿性粉剂来进行防治，每亩用量175-225克，兑水后进行叶面喷洒。如果没有及时喷药，田间发现晚疫病植株后，则需要用瑞毒霉（也称为雷多米尔、甲霜灵）之类的药剂进行防治，每亩用25%瑞毒霉可湿性粉剂150-200克，兑水进行叶面喷施。
如果一次没有将病害控制住，则需要进行多次喷施，时间间隔为7-10天。
此外，环境条件也影响晚疫病的传播，为防止块茎感染，应当高培土。如果植株地上部分受到晚疫病侵染，则最好在收获前将病秧割除并清理处田块，防止收获的薯块与之接触。
二、癌肿病
防治方法：
选用抗癌肿病的品种并结合长期轮作（5年或更长），可以防止癌肿病的发生。封锁感病地区、禁止从感病地区调运马铃薯特别是种薯，是控制病害蔓延最有效的方法。
及早施药防治坡度不大、水源方便的田块于70%植株出苗至齐苗期，用20%三唑酮乳油1500倍液浇灌；在水源不方便的田块可于苗期、蕾期喷施20%三唑酮乳油2000倍液，每667m2喷对好的药液50～60L，有一定防治效果。
三、粉痂病
防治方法：
用甲烷钠熏蒸土壤可以起到一定的防治效果。
选择排水良好的无病地块种植马铃薯或长期与牧草轮作，可显著降低该病害的发生，选用抗病品种和无病种薯。
选留无病种薯，把好收获、贮藏、播种关，剔除病薯，必要时可用2%盐酸溶液或40%福尔马林200倍液浸种5分钟或用40%福尔马林200倍液将种薯浸湿，再用塑料布盖严闷2小时，晾干播种。
四、早疫病
防治方法：
发病前开始喷洒75％百菌清可湿性粉剂600倍液，或64％杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或40％克菌丹可湿性粉剂400倍液，或1:1:200波尔多液，或77％可杀得可湿性微粒粉剂500倍液，隔7-10天一次，连续防治2-3次。
五、干腐病和萎蔫病
防治方法：
选用无病种薯，用化学保护剂处理切块的种薯，可以把切好的薯块蘸一层7%-8%的杀菌剂粉剂；生长期间有良好的水分管理和轮作；不在带有萎焉性镰刀菌的田块里种植马铃薯。发病初期可用58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂400倍液处理。
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