苹果疫腐病的防治方法主要以农业防治和化学防治为主。首先彻底清园，搞好果园覆盖；其次，加强土肥水管理，改善果园生态环境，对土壤消毒。最后结合化学药剂进行防治。
及时清理落地果实并摘除树上病果、病叶集中处理；改善果园生态环境，排除积水，降低湿度，树冠通风透光可有效地控制病害；翻耕和除草时注意不要碰伤根颈部。必要时进行桥接，可提早恢复树势，增强树木的抗病性。
农业防治和化学防治相结合。
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