1、加强栽培场所的管理
食用菌生产场地的选择和设计要科学合理，栽培场所应远离发酵场、饲养场等污染源和虫源，栽培场所内外环境要保持卫生，无杂草和各种废物。培养室和出菇场要采取在门窗处安装窗沙，防止菇蝇飞入等措施。操作人员进入菇房尤其从染病区进入非病区时，要更换工作服和用来苏尔洗手，菇房（棚）门口应备消毒液槽或石灰坑供脚踏消毒。进料前要对菇房内墙壁、床架、地面用1：800倍克霉灵液和0.5%敌敌畏彻底消毒杀灭潜伏的病、虫和杂菌。
2、生态防治措施
环境条件适宜程度是食用菌病虫害发生的重要诱导因素。当栽培环境不适宜某种食用菌生长时，便导致其生命力减弱，给病虫害的入侵创造机会。因此，食用菌栽培要根据具体品种的生物学特性，选择适合当地气候条件的、抗性强的品种栽培。并用种性纯正、菌丝生长健壮、不带菌毒、无杂菌、无害虫污染、生命力旺盛的菌种接种。并选好栽培季节，做好菇事安排。在菌丝体及子实体生长的过程中，要创造适合其生长的最佳生长条件与环境，促进健壮生长，提高抗病虫害的能力。
3、物理防治措施
针对不同病虫害各自的生理特性和生活习惯采取物理的防治措施，效果也很好。菇房、菇棚、防空洞等栽培设施的门、窗、通风口均应安装网纱防虫，室内可用黑光灯诱虫，并注意开门时应关灯，以防诱入室外的昆虫。另外，链孢霉在高温高湿的环境下易发生，把栽培环境湿度控制在70%，温度控制在20℃以下，链孢霉就会迅速受到抑制，而不影响食用菌的生长。
4、生物防治措施
利用某些有益生物，杀死或抑制害虫或杂菌，保护食用菌正常生长，优点是：有益生物对防治对象有很高的选择性，对人畜安全，不污染环境，无毒副作用。生物防治的主要类型有：一是以虫治虫，如利用蜘蛛捕食菇蚁，蝇等；二是利用拮抗作用，即在食用菌生产中选用抗霉力，抗逆性强的优良菌株抵抗杂菌的生长繁殖；三是利用抢占作用，即除草菇外，一般应选择在温度较低时播种，接种可安排在夜间进行，并适当加大接种量，使菌丝尽快布满培养料，以减少竞争性污染的机会。
5、化学药剂防治措施
在其他防治病虫害措施失败或病虫害严重的栽培场地及老产区，可选用高效低毒并对食用菌生长无不良影响的农药进行防治。
5.1用50%的克霉灵1000倍液拌料，拌覆土后散在表面可杀多种有害真菌；
5.2用鱼藤精1000倍液进行室内喷雾，可防治壳子虫、菇蝇、跳虫等；
5.3用500-800倍的菊酯类农药可防治瘿蚊等；
5.4用烟草浸出液稀释500倍喷洒可防治跳虫；
5.5每50公斤豆饼饵加1.5-3公斤蜗牛敌制成毒饵置于室内，可诱杀蜗牛、蛞蝓；
5.6用5%-20%的食盐水于傍晚时喷洒栽培场地面亦可杀灭蜗牛、蛞蝓；
5.7用5%的福尔马啉对培养料和覆土按每立方米用量500ml喷洒，并用塑料薄膜覆盖闷2天，或按每立方米空间用福尔马啉100ml加热熏蒸房间均可杀死各类真菌孢子。
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