高温闷棚后土壤施入生物菌可以补充因高温闷棚造成的土壤有益微生物的不足，有利于下茬作物生长，达到良性循环。
经过高温作用，不管是有害菌还是有益菌，大部分都会被杀死。因此，高温闷棚结束后应适当增施生物菌肥或生物有机肥，以增加土壤有益菌群，保护根际环境，增强植株的抗病能力。特别需要提醒的是：生物菌肥或菌剂，一定不可在高温闷棚前施用，一定要在高温闷棚后施用，否则有益生物菌会被闷棚时的高温全部杀死。
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