嫁接后的甜瓜苗，因为本身就有伤口，而且又处在高温、高湿的环境中，所以非常容易感染各种病害。在伤口愈合过程中应结合苗床喷水，用75％百菌清可湿性粉剂600倍液喷雾，以防治甜瓜苗期猝倒病和根腐病的发生。
甜瓜嫁接容易得霉病、疫病、白粉病、炭疽病等。
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